RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Компьютерные исследования и моделирование // Архив

Компьютерные исследования и моделирование, 2014, том 6, выпуск 5, страницы 761–774 (Mi crm357)

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Молекулярная модель образования комплекса ОСР с фикобилисомой

Д. В. Зленкоa, И. Н. Стадничукb, П. М. Красильниковa

a Биологический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 119991, г. Москва, Воробьёвы горы, 1/12
b Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН, Россия, 119071, г. Москва, Ленинский проспект, д. 33

Аннотация: Построена молекулярная модель взаимодействия фикобилисомыс ОСР, белком-тушителем, регулирующим передачу энергии от фикобилисом к фотосистемам в пигментном аппарате цианобактерий. Полученная модель не требует нарушения известной по рентгеноструктурным данным пространственной структуры взаимодействующих белков, а также позволяет удовлетворительно описать процесс переноса энергии к ОСР от фикобилисомы. Методом MM-PBSAрассчитана свободная энергия образования комплекса. Показано, что свободная энергия имеет величину не более нескольких десятков кДж/моль, что хорошо согласуется с наблюдаемой в эксперименте небольшой устойчивостью комплекса. Показано, что удельная свободная энергия взаимодействия рассматриваемых в модели весьма гидрофильных белков друг с другом при-мерно в два раза превышает удельную энергию их взаимодействия с водой, что свидетельствует о высокой комплементарности контактирующих белковых поверхностей и является сильным аргументом в пользу предложенной модели.

Ключевые слова: фикобилисома, комплексоообразование, молекулярное моделирование, свободная энергия.

УДК: 577.31, 577.32, 577.34

Поступила в редакцию: 24.07.2014
Исправленный вариант: 18.08.2014

DOI: 10.20537/2076-7633-2014-6-5-761-774



© МИАН, 2024