RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Компьютерные исследования и моделирование // Архив

Компьютерные исследования и моделирование, 2019, том 11, выпуск 2, страницы 287–309 (Mi crm712)

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Hybrid models in biomedical applications

[Гибридные модели в биомедицинских приложениях]

N. M. Bessonova, G. A. Bocharovb, A. Bouchnitac, V. A. Vol'pertdefg

a Institute of Problems of Mechanical Engineering, Russian Academy of Sciences, V.O., 61 Bolshoj pr., St. Petersburg, 199178, Russia
b Marchuk Institute of Numerical Mathematics, Russian Academy of Sciences, 8 Gubkina st., Moscow, 119333, Russia
c Department of Information Technology, Uppsala University, Lägerhyddsvägen 2, Uppsala, SE-752 37, Sweden
d Peoples’ Friendship University of Russia (RUDN University), 6 Miklukho-Maklaya st., Moscow, 117198, Russia
e Institut Camille Jordan, UMR 5208 CNRS, Université Lyon 1, 43 Boulevard du 11 Novembre 1918, Villeurbanne, 69622, France
f INRIA, Institut Camille Jordan, Université Lyon 1, 56 Boulevard Niels Bohr, Villeurbanne, 69603, France
g Poncelet Center, UMI 2615 CNRS, 11 Bolshoi Vlassievskii, Moscow, 119002, Russia

Аннотация: В статье представлен обзор недавних работ по гибридным дискретно-непрерывным моделям в динамике клеточных популяций. В этих моделях, широко используемых в биологическом моделировании, клетки рассматриваются как отдельные объекты, которые могут делиться, умирать, дифференцироваться и двигаться под воздействием внешних сил. В простейшем представлении клетки рассматриваются как мягкие сферы, их движение описывается вторым законом Ньютона для их центров. В более полном представлении могут учитываться геометрия и структура клеток. Судьба клеток определяется концентрациями внутриклеточных веществ и различных веществ во внеклеточном матриксе, таких как питательные вещества, гормоны, факторы роста. Внутриклеточные регуляторные сети описываются обыкновенными дифференциальными уравнениями, а внеклеточные концентрации — уравнениями в частных производных. Мы проиллюстрируем применение этого подхода некоторыми примерами, в том числе бактериальными филаметами и ростом раковой опухоли. Далее будут приведены более детальные исследования эритропоэза и иммунного ответа. Эритроциты производятся в костном мозге в небольших структурах, называемых эритробластными островками. Каждый островок образован центральным макрофагом, окруженным эритроидными предшественниками на разных стадиях зрелости. Их выбор между самообновлением, дифференцировкой и апоптозом определяется регуляцией ERK/Fas и фактором роста, производимым макрофагами. Нормальное функционирование эритропоэза может быть нарушено развитием множественной миеломы, злокачественного заболевания крови, которое приводит к разрушению эритробластических островков и к развитию анемии. Последняя часть работы посвящена применению гибридных моделей для изучения иммунного ответа и развития вирусной инфекции. Представлена двухмасштабная модель, включающая лимфатический узел и другие ткани организма, включая кровеносную систему.

Ключевые слова: клеточные полуляции, дискретно-непрерывные модели, эритропoэз, иммунный ответ.

УДК: 519.8

Поступила в редакцию: 28.09.2018
Исправленный вариант: 06.11.2018
Принята в печать: 24.01.2019

Язык публикации: английский

DOI: 10.20537/2076-7633-2019-11-2-287-309



© МИАН, 2024