RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Информатика и её применения // Архив

Информ. и её примен., 2023, том 17, выпуск 2, страницы 2–10 (Mi ia838)

Эта публикация цитируется в 6 статьях

О задачах оптимизации, возникающих при применении топологического анализа данных к поиску алгоритмов прогнозирования с фиксированными корректорами

И. Ю. Торшин

Федеральный исследовательский центр «Информатика и управление» Российской академии наук

Аннотация: Корректирующие операции (корректоры) в мультиалгоритмических конструкциях алгебраического подхода могут строиться на основе известных физических моделей и/или многоуровневых описаний физических объектов. В рамках топологического подхода к анализу плохо формализованных задач поиск включаемых в корректор алгоритмов может рассматриваться как задача комбинаторной оптимизации либо как задача минимизации некой функции потерь. Исследование окрестностей цепей в решетке подмножеств объектов позволило получить ряд критериев ранговой оптимизации, перспективных для решения задач прогнозирования числовых таргетных переменных. Формализм апробирован на задаче взаимодействия лиганд–рецептор в рамках хемокиномного анализа лекарств (данные {ProteomicsDB}). Наилучшие результаты прогнозирования констант EC$_{50}$ наблюдались именно при использовании полученных ранговых критериев: при усреднении по 300 биологическим активностям коэффициент корреляции на контроле составил $0{,}86\pm0{,}20$.

Ключевые слова: топологический анализ данных, теория решеток, задачи оптимизации, регрессия, хемоинформатика.

Поступила в редакцию: 05.10.2022

DOI: 10.14357/19922264230201



© МИАН, 2024