Типовая структура программы одномерного моделирования динамики цепочки ДНК и ее схемная реализация

Многие задачи моделирования динамики одномерных молекулярных цепочек ДНК имеют сходную и очень простую структуру циклов и зависимостей данных в расчетных формулах. В сочетании с высокой удельной вычислительной нагрузкой, это делает упомянутые задачи идеальными для ускорения счета путем схемной реализации на FPGA. Однако, как показал опыт первых таких реализаций, ошибки при попытках описать эффективные схемы такого рода на языке высокого уровня также имеют очень простой и сходный для разных задач (и разных разработчиков) характер. В нашей работе мы постарались описать приемы эффективного построения таких схем, не привязываясь к конкретной задаче моделирования.