Эта публикация цитируется в
3 статьях
КОНДЕНСИРОВАННОЕ СОСТОЯНИЕ
Пространственные расстояния внутри скомканного полимера со случайными петлями
Б. Славов,
К. Половников Сколковский институт науки и технологий, 121205 Москва, Россия
Аннотация:
В качестве минимальной модели организации хромосом была предложена модель скомканного полимера, дополнительно свернутого в случайные петли. Как петли влияют на пространственные расстояния в таком полимере? В данной работе мы исследуем статистику внутрицепочечных расстояний
$R(s)$ на разных масштабах контурной длины
$s$ в ансамбле полимерных конфигураций с вмороженным беспорядком петель. Мы описываем эффект петель, аналитически решая модель скомканной полимерной цепи, которая долгое время предлагалась как нулевая модель организации хроматина. Как мы показываем, цепочка компактизуется при добавлении петель и имеет характерную впадину на
$R(s)$ на масштабе длины в несколько размеров петель
$\lambda$. Количественно сравнивая
$R(s)$ с поведением функции вероятности контакта
$P_c(s)$, вычисленной нами ранее [1, 2], мы дополнительно демонстрируем нарушение известного приближения среднего поля между двумя наблюдаемыми величинами. Последний результат является ярким отражением негауссовости полимерного ансамбля, вызванным беспорядком петель. В совокупности наши теоретические выводы прокладывают путь к количественному анализу параметров хромосом с петлями из данных микроскопии
in vivo и предостерегают исследователей от использования гауссовых методов анализа усредненных по популяции экспериментальных данных (например, Hi-C).
Поступила в редакцию: 15.06.2023
Исправленный вариант: 29.06.2023
Принята в печать: 30.06.2023
DOI:
10.31857/S1234567823150107