RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Моделирование и анализ информационных систем // Архив

Модел. и анализ информ. систем, 2020, том 27, номер 2, страницы 180–193 (Mi mais712)

Computing methodologies and applications

Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах

А. Н. Гайнуллина, А. А. Шалыто, А. А. Сергушичев

Университет ИТМО, Кронверкский пр. 49, г. Санкт-Петербург, 197101 Россия

Аннотация: Алгоритмы на графах часто используются для анализа и интерпретации биологических данных. Одним из широко используемых подходов является решение задачи поиска активного модуля, в которой в графе биологических взаимодействий выделяется связный подграф, лучше всего отражающий разницу между двумя рассматриваемыми биологическими состояниями. В настоящей работе этот подход расширяется на случай большего числа биологических состояний и формулируется задача совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространстве.
Для решения этой задачи предлагается итеративный метод, принимающий на вход граф $G$ и матрицу $X$, в которой строки соответствуют вершинам графа. На выходе алгоритм выдает набор подграфов графа $G$ так, что каждый подграф является связным и строки, соответствующие его вершинам, обладают высокой попарной корреляцией. Эффективность метода подтверждается экспериментальным исследованием на смоделированных данных.

Ключевые слова: активный модуль, кластеризация, экспрессия генов, биологические графы.

УДК: 519.1

MSC: 68P99, 92B99

Поступила в редакцию: 08.06.2020
Исправленный вариант: 17.06.2020
Принята в печать: 17.06.2020

DOI: 10.18255/1818-1015-2020-2-180-193



© МИАН, 2024