RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2012, том 7, выпуск 2, страницы 554–566 (Mi mbb122)

Интеллектуальный анализ данных

Настройка нелинейной модели данных экспериментов с экспрессионными ДНК-микрочипами

Е. А. Рябенкоab

a Факультет вычислительной математики и кибернетики, Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, Москва, 119991, Россия
b НТЦ Биоклиникум, Москва, 115088, Россия

Аннотация: Рассматривается нелинейная модель данных ДНК-микрочипов, в которой интенсивность флуоресценции проб описывается функцией Лэнгмюра. Разработан метод настройки параметров модели на основе общедоступных данных нескольких тысяч экспериментов, основанный на минимизации функции потерь из класса AB-дивергенций; для выбора оптимальных значений гиперпараметров проведены численные эксперименты. Полученная модель описывает интенсивности флуоресценции проб микрочипа точнее стандартной линейной, а полученные на её основе оценки экспрессии более устойчивы.

Ключевые слова: ДНК-микрочипы, суммаризация, модель Лэнгмюра, AB-дивергенция.

УДК: 519.254

Материал поступил в редакцию 02.10.2012, опубликован 25.10.2012



© МИАН, 2024