RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2012, том 7, выпуск 2, страницы 692–702 (Mi mbb129)

Эта публикация цитируется в 1 статье

Математическое моделирование

Использование программы кристаллографического уточнения Refmac в процессе выявления альтернативных конформаций в биологических макромолекулах

О. В. Соболев, В. Ю. Лунин

Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: Изучение смещений центров атомов при кристаллографическом уточнении макромолекулярной структуры без стереохимических ограничений позволяет обнаруживать присутствие альтернативных конформаций фрагментов полипептидной цепи. Процедуры автоматического принятия решений о наличии или отсутствии альтернативной конформации для конкретного фрагмента опираются на статистический анализ смещений атомов, полученных при тестовом уточнении большого количества белковых структур. При этом распределения вероятностей смещений оказываются зависимыми от используемой программы уточнения. В данной работе описаны построение баз смещений атомов, их анализ и разработка автоматических процедур идентификации альтернативных конформаций при использовании для уточнения структуры одного из наиболее популярных инструментов — программы Refmac.

Ключевые слова: структура биологических макромолекул, кристаллографическое уточнение, альтернативные конформации.

УДК: 548.737

Материал поступил в редакцию 18.12.2012, опубликован 25.12.2012



© МИАН, 2024