RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2007, том 2, выпуск 1, страницы 20–35 (Mi mbb14)

Эта публикация цитируется в 6 статьях

Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Совместное использование различных критериев проверки однородности для выявления скрытой периодичности в биологических последовательностях

М. Б. Чалейa, Н. Н. Назиповаa, В. А. Кутыркинb

a Институт математических проблем биологии РАН
b Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана

Аннотация: В настоящей работе для выявления скрытой периодичности в биологических последовательностях используется модель дополнительных статистических экспериментов. Эта модель, включающая понятие нечетких тандемных повторов (Fuzzy Tandem Repeats), позволила предложить оригинальные статистические методы для оценки паттерна периодичности в размытых тандемных повторах (Approximate Tandem Repeats). В ряде случаев, при существенном проценте вставок и делеций в последовательности размытого тандемного повтора, выравнивание на основе полученной оценки размера паттерна периодичности оказывается более оптимальным по сравнению с выравниванием на основе известного метода Tandem Repeats Finder (TRF). Предложенные оригинальные статистические методы обладают значительно большей мощностью по сравнению с существующими аналогами. Основное достоинство этих методов состоит в возможности их применения в практических условиях нерепрезентативных выборок.

Ключевые слова: скрытая периодичность, тест-период, профильная матрица, спектр относительных $\chi^2$-амплитуд.

УДК: 577.2:519.23

Материал поступил в редакцию 30.03.2007, опубликован 22.04.2007



© МИАН, 2024