RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 2, страницы 467–479 (Mi mbb155)

Эта публикация цитируется в 1 статье

Биоинформатика

Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека

Н. В. Иванисенкоa, Т. В. Трегубчакb, О. В. Сайкa, В. А. Иванисенкоa, С. Н. Щелкуновab, Н. А. Колчановac

a Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия
b ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», Кольцово, Новосибирская область, 630559 Россия
c Новосибирский Государственный Университет, Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия

Аннотация: Рекомбинантные вирусные белки, блокирующие активность фактора некроза опухолей (ФНО), могут быть использованы для разработки новых препаратов, предназначенных для лечения воспалительных заболеваний. Компьютерное моделирование комплекса взаимодействующих белков и выявление закономерностей их взаимодействия обеспечивает возможность предсказания и создания методами направленного мутагенеза измененных форм ФНО-связывающих белков (ФНО-СБ) ортопоксвирусов, которые с наибольшей эффективностью способны связываться и нейтрализовать активность ФНО. Для анализа механизмов взаимодействия ФНО человека (чФНО) с ФНО-связывающими доменами ФНО-СБ вируса оспы коров (ФНОСД-ВОК) и ФНО-СБ вируса натуральной оспы (ФНОСД- ВНО) и определения наиболее важных аминокислот, участвующих в образовании комплексов, были использованы компьютерные модели, построенные на основе структуры комплекса мутантного чФНО с рецептором ФНО типа II (чФНОР-II), полученной методом рентгеноструктурного анализа. С использованием моделирования молекулярной динамики и метода расчета свободной энергии MM-GBSA было показано, что чФНО связывается с большей аффинностью c ФНОСД- ВНО по сравнению с ФНОСД-ВОК. Результаты расчетов были подтверждены данными экспериментов по измерению констант связывания изучаемых белков методом SPR. Выявлено, что аминокислотная замена в последовательности ФНО-СБ ВНО ASP63$\to$ASN63 приводит к структурным перестройкам, благоприятствующим взаимодействию ФНО-СБ ВНО с ФНО человека. Дополнительно, протокол разложения свободной энергии по аминокислотным остаткам позволил выявить ключевые аминокислоты, участвующие в энергии образования комплексов.

Ключевые слова: моделирование молекулярной динамики, препараты антицитокинового действия, вирус натуральной оспы (ВНО), вирус оспы коров (ВОК), фактор некроза опухоли.

УДК: 577.322

Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 06.09.2013



© МИАН, 2024