RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 2, страницы 480–501 (Mi mbb156)

Эта публикация цитируется в 4 статьях

Биоинформатика

Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов

М. Б. Чалейa, В. А. Кутыркинb, Е. И. Теплухинаa, Г. Э. Тюльбашеваa, Н. Н. Назиповаa

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана, Москва, 107005, Россия

Аннотация: Представлен анализ данных первого выпуска базы HeteroGenome, содержащей выявленные районы скрытой периодичности в геномах ряда эукариотических организмов. Тандемные повторы с различной сохранностью копий паттерна, включая сильно размытые повторы, были идентифицированы в геномах S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans и D. melanogaster. Данные были получены с помощью оригинального спектрально-статистического подхода к поиску достоверных районов скрытой периодичности в последовательностях ДНК. Введение двухуровневой структуры представления данных (на первом, неизбыточном, уровне районы скрытой периодичности рассматриваются в целом, на втором уровне — консервативные фрагменты их периодической структуры) позволило оценить долю покрытия ($\sim10\%$ от длины генома) анализируемых геномов районами скрытой периодичности. Оценка выведена на основе данных первого уровня. Анализ количественного и качественного состава (по уровню дивергенции) районов скрытой периодичности по всем хромосомам рассматриваемых организмов выявил характеристические типы периодичности в геноме каждого организма. Получены гистограммы плотности распределения районов скрытой периодичности для каждой хромосомы рассматриваемых геномов. Выявлен репертуар длин периодов в геномах. База данных HeteroGenome предоставляет дополнительные возможности анализа содержащихся в ней данных и доступна по адресу: http://www.jcbi.ru/lp_baze/.

Ключевые слова: скрытая периодичность, тандемные повторы, анализ генома.

УДК: 577.322

Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 24.09.2013



© МИАН, 2024