Cтатистический анализ радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток по данным ДНК-микроматриц на примере линии HCT116

В работе проведён анализ данных ДНК-микрочипов по радиационно-индуцированной динамике транскриптома раковых клеток линии HCT116 с нормальным и мутантным геном ТР53. Транскриптом анализировался через 1, 12 и 24 часа после облучения с использованием микроматрицы Affymetrix серии HGU133А. Получено, что вероятностные характеристики разностей экспрессии существенно зависят от интенсивностей базового уровня, причем для абсолютных разностей эта зависимость нелинейная. Эффект учтён в рамках алгоритма «огибающая шума» на этапах фильтрации, кластеризации и группировки генов. Судить об эффективности применяемых в работе процедур обработки данных ДНК-микрочипов можно по результатам иерархической кластеризации и метода групповых средних. Для генов, прошедших процедуру фильтрации, построены дендрограммы, на основе которых проведено предварительное сравнение динамики ключевых сигнальных путей, связанных с программируемой клеточной смертью и репарацией ДНК.