Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации

Проведен сравнительный анализ ортологических вариантов нескольких генов, входящих в состав гетеро- и эухроматина из разных видов дрозофилид с использованием компьютерных методов, позволяющих вычислять потенциал предпочтительной локализации нуклеосом вдоль фрагментов ДНК и определять спектр размеров областей такого предпочтения и расстояний между их центрами. Выяснено, что общий уровень потенциала нуклеосомной локализации ниже в случае эухроматина, также есть отличия в спектрах линейныхразмеров областей нуклеосомного предпочтения. В случае гетерохроматина гены light, concertina включают интроны, которые обогащены короткими областями выраженного нуклеосомного предпочтения. Присутствие сильных пиков нуклеосомной локализации ассоциируется с множественными повторами класса LINE и LTR в области интронов, тогда как в области эухроматина их ортологи не содержит соответствующих повторов и столь же протяженных интронов. В последнем случае пики потенциала нуклеосомной локализации для гена light имеют не только меньшую амплитуду, но и размыты до большей ширины. При гетерохроматиновой локализации ген concertina, имеющий самый высокий средний уровень сигнала нуклеосомного позиционирования, экспрессируется на эмбриональной стадии и имеет слабо выраженный эффект положения гена, а ген light с относительно более низким средним уровнем сигнала жизненно необходим для многих стадий развития особи и имеет сильный эффект положения.