Биоинформатика
Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации
В. Б. Федосеева Институт молекулярной генетики, Российская академия наук, Москва, Площадь И. В. Курчатова 2, 123182, Россия
Аннотация:
Проведен сравнительный анализ ортологических вариантов нескольких генов, входящих в состав гетеро- и эухроматина из разных видов дрозофилид с использованием компьютерных методов, позволяющих вычислять потенциал предпочтительной локализации нуклеосом вдоль фрагментов ДНК и определять спектр размеров областей такого предпочтения и расстояний между их центрами. Выяснено, что общий уровень потенциала нуклеосомной локализации ниже в случае эухроматина, также есть отличия в спектрах линейныхразмеров областей нуклеосомного предпочтения. В случае гетерохроматина гены
light,
concertina включают интроны, которые обогащены короткими областями выраженного нуклеосомного предпочтения. Присутствие сильных пиков нуклеосомной локализации ассоциируется с множественными повторами класса LINE и LTR в области интронов, тогда как в области эухроматина их ортологи не содержит соответствующих повторов и столь же протяженных интронов. В последнем случае пики потенциала нуклеосомной локализации для гена
light имеют не только меньшую амплитуду, но и размыты до большей ширины. При гетерохроматиновой локализации ген
concertina, имеющий самый высокий средний уровень сигнала нуклеосомного позиционирования, экспрессируется на эмбриональной стадии и имеет слабо выраженный эффект положения гена, а ген
light с относительно более низким средним уровнем сигнала жизненно необходим для многих стадий развития особи и имеет сильный эффект положения.
Ключевые слова:
картирование нуклеосом, ортологи, экзон-интронная cтруктура.
УДК:
576.316: 577.113+577.315.42
Материал поступил в редакцию 14.11.2013,
опубликован 02.06.2014