RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2014, том 9, выпуск 2, страницы 491–503 (Mi mbb201)

Математическое моделирование

Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле

А. В. Пененкоa, Т. С. Троеглазоваbc, У. С. Зубаироваd, Д. Ж. Байшибаевbc, С. В. Николаевd

a Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук, Россия, Новосибирск, 630090, пр. ак. Лаврентьева, д. 6
b Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Россия, Новосибирск, 630090, ул. Пирогова, д. 2
c Восточно-Казахстанский государственный технический университет им. Д. Серикбаева, Республика Казахстан, Усть-Каменогорск, 070004, ул. Протозанова А. К., д. 69
d Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Россия, Новосибирск, 630090, пр. ак. Лаврентьева, д. 10

Аннотация: В рамках теории морфогенов рост, формообразование и дифференцировка ткани, состоящей из клеток, могут быть описаны математическими моделями типа реакции-диффузии, содержащими системы дифференциальных уравнений с частными производными. При рассмотрении клеточной структуры ткани такие модели сводятся к системе обыкновенных дифференциальных уравнений. При моделировании ткани реальных размеров, содержащей $10^4$$10^6$ клеток, размерность системы уравнений становится такой, что для ее решения в приемлемое время необходимо использовать высокопроизводительные вычисления. В работе рассматривается алгоритм прямого моделирования, основанный на схеме расщепления задачи по «биофизическим» процессам и явных вычислительных схемах для реализации отдельных процессов. Продемонстрировано, как такую конструкцию численной модели эффективно использовать для расчетов на графических ускорителях в рамках технологии высокопроизводительных вычислений CUDA.

Ключевые слова: морфогенез, модели реакции-диффузии, высокопроизводительные вычисления, схемы расщепления, графические ускорители.

УДК: 51-76

Материал поступил в редакцию 28.11.2014, опубликован 16.12.2014



© МИАН, 2024