Эта публикация цитируется в
3 статьях
Математическое моделирование
О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста
Н. А. Риa,
В. А. Лихошвайab,
Т. М. Хлебодароваa a Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, 630090, Россия
b Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, 630090, Россия
Аннотация:
Основным ферментом, метаболизирующим нитрит в клетках
E. coli при низких концентрациях субстрата в среде, является периплазматическая Nrf нитритредуктаза. Ранее нами была разработана модель утилизации нитрита клетками
E. coli при культивировании их в условиях стационарного роста в проточном хемостате, которая учитывала динамику экспрессии
nrf и
nir оперонов, кодирующих структуру ферментов, метаболизирующих и транспортирующих нитрит. Анализ модели показал, что для описания кинетики накопления нитрита в хемостате в области микромолярных концентраций нитрита требуется введение в модель дополнительного предположения о наличии в клетке более высокого уровня утилизации нитрита, чем это следует из генетических исследований. В настоящей работе мы показали, что существующее противоречие между результатами генетических и физиологических исследований в области низких концентраций нитрита может быть объяснено свойствами Nrf фермента, каталитическая активность и стабильность которого зависят от его локализации в периплазме, а возможность секреции белка в периплазму определяется наличием на мембране электрического потенциала. Анализ модели показал, что при низких концентрациях нитрита локальное изменение концентрации фермента при переходе из цитоплазмы в периплапазматическое пространство клетки под действием мембранного потенциала достаточно для формирования более высокой активности NrfA редуктазы в периплазме, чем это можно было ожидать, исходя из данных по уровню экспрессии
nrf оперона.
Ключевые слова:
моделирование, регуляция экспрессии генов, Escherichia coli, анаэробное дыхание, нитритредуктазы.
УДК:
001.575:577.218:579.84:57.017.723
Материал поступил в редакцию 06.04.2015,
опубликован 26.05.2015
DOI:
10.17537/2015.10.193