Модель организации кодирования в прокариотических организмах

На основе спектрально-статистического подхода (2С-подхода) выполнен анализ скрытой периодичности в CDS геномов прокариотических организмов. Показано, что его результаты совпадают с результатами проведённого ранее анализа на скрытую периодичность в CDS геномов эукариотических организмов. Впервые для CDS геномов как низших, так и высших организмов определён тип скрытой триплетной периодичности, гипотеза о существовании которой широко обсуждалась в последние десятилетия. Показано, что CDS геномов характеризуются новым типом скрытой периодичности, названным профильной периодичностью. Для объяснения существования в CDS скрытой (триплетной) профильной периодичности рассматривается стохастическая модель однородной организации кодирования (SHOC-модель) в текстовых строках. Модель объясняет наличие скрытой профильной периодичности и регулярности в последовательностях ДНК. Характерные проявления SHOC-модели демонстрируются в численных экспериментах с бинарно перекодированным литературным текстом.