Эта публикация цитируется в
10 статьях
Биоинформатика
Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул
Д. А. Тихоновab,
Л. И. Куликоваa,
А. В. Ефимовc a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ
им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Московская область, Россия
c Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Аннотация:
В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области
$0^\circ$ и
$180^\circ$. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из
$\alpha$- и
$3_{10}$-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя
$\alpha$-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области
$20^\circ$–
$25^\circ$. Образованные двумя
$\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от
$-50^\circ$ до
$-25^\circ$), в области положительных значений углов (от
$20^\circ$ до
$25^\circ$) и в области прямого угла (от
$70^\circ$ до
$110^\circ$).
Ключевые слова:
структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
УДК:
519
Материал поступил в редакцию 19.09.2017,
опубликован 27.11.2017
DOI:
10.17537/2017.12.398