RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск Suppl., страницы t1–t11 (Mi mbb314)

Переводы опубликованных статей

Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules

[Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со структурированными РНК]

A. A. Bykovab, K. S. Shavkunovac, V. V. Panyukovdc, O. N. Ozolineac

a 1142290, Institute of Cell Biophysics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
b 2142290, Pushchino State Institute of Natural Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
c 142290, Pushchino Scientific Center of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
d 142290, Institute of Mathematical Problems of Biology — the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia

Аннотация: Для взаимодействия с сахаро-фосфатным остовом ДНК архитектурный белок бактериального нуклеоида Dps использует боковые группы лизинов, расположенные на его N-концевых модулях. Электростатический характер взаимодействия предполагает способность Dps связываться с любой нуклеотидной последовательностью, в том числе с РНК. Имеющиеся данные указывают также на то, что Dps имеет повышенное сродство к разветвлённым структурам в ДНК. В РНК такие структуры формируются гораздо чаще, чем в ДНК. Поэтому в работе исследована способность очищенного и иммобилизованного на акрилатных сферах белка Dps связываться с изолированными из бактериальных клеток короткими РНК и установлено, что предпочтительными мишенями для взаимодействия являются транспортные и малые регуляторные РНК, формирующие стабильные вторичные структуры. Среди РНК, обнаруженных в комплексе с Dps, оказалось 8 транскриптов, соответствующих межгенным пространствам, что может свидетельствовать о наличии в них новых генов. Кроме этого, были зарегистрированы продукты длиной 9–13 нуклеотидов, принадлежащие малым нетранслируемым РНК SdsR и RyeA, транскрибируемым по обеим нитям из одного геномного локуса. Так как число более длинных транскриптов из этой области оказалось, по крайней мере, в пять раз меньшим, можно предположить, что два встречных продукта формируют частично комплементарный дуплекс, подвергающийся контролируемому процессингу. Избирательность Dps к этим молекулам, также как к другим структурированным РНК, указывает на возможность его участия не только в конденсации бактериального генома, но и в поддержании функционального состояния клеточного транскриптома.

Ключевые слова: Dps, комплексы Dps-РНК, pull-down assay, RNA-seq.

УДК: 577.21

Материал поступил в редакцию 19.01.2017, опубликован 24.01.2017

Язык публикации: английский

DOI: 10.17537/2017.12.t1



© МИАН, 2024