REP-elements of the Escherichia coli genome and transcription signals: positional and functional analysis

В межгенных участках генома кишечной палочки находится 356 участков, содержащих от 1 до 12 повторяющихся последовательностей с вырожденным консенсусом, названных REP-элементами. Их биологическая роль мало понятна, но множественность в геноме, преимущественная локализация между конвергентными генами и способность формировать шпилечные структуры послужили основанием для предположения об участии REP-элементов в терминации транскрипции или стабилизации соответствующих РНК, хотя прямые эксперименты не подтвердили способность модельных REP-элементов останавливать синтез РНК. В данной работе позиционный и функциональный анализ, выполненный для всей совокупности аннотированных REP-элементов, позволил установить факт снижения эффективности сквозного синтеза РНК для многих REP-модулей. Однако часть из них не влияла на процессивность транскрипции, что предполагает возможность регуляторного действия REP-элементов в составе РНК. Были также обнаружены REP-последовательности, после которых синтез РНК усиливался и найдены перекрывающиеся с ними промоторы. Выявлен особый характер расположения REP-элементов относительно промоторных островков, предполагающий вклад повторяющихся модулей в транскрипционную изоляцию островков и их функциональную автономию, а также биологическое значение островковых РНК.