Структурированные РНК-маркеры для генотипирования вируса клещевого энцефалита

Клещевой энцефалит относится к числу опасных природно-очаговых инфекций. Возбудителем заболевания является вирус клещевого энцефалита (ВКЭ), переносимый клещами. Различают три основных подтипа ВКЭ с разными клиническими проявлениями болезни, но допускается и возможность существования других подтипов. Эффективность лечения болезни во многом может зависеть от правильной идентификации генотипа ВКЭ. Исчерпывающая информация о генотипе содержится в полной кодирующей последовательности генома ВКЭ. Из неё можно извлечь ограниченное количество маркеров генотипирования в виде относительно коротких структурированных фрагментов РНК. В данной работе сформулирован достаточно общий подход к выделению структурированных РНК-маркеров для генотипирования ВКЭ. Рассматриваются три типа структур: периодичности, фракталоподобные конструкции и компактно локализованные комбинации разнотипных повторов. Обосновывается выбор этих структур для целей генотипирования и возможной их роли в формировании патогенного потенциала вируса. Подход апробирован на полных кодирующих последовательностях ВКЭ (161 штамм). Приведены примеры наиболее характерных маркеров каждого из трех типов.