New procedure of raw Illumina MiSeq data filtering for the amplicon metagenomic libraries

В работе предлагается алгоритм тримминга — фильтрации по качеству прочтения — результатов высокопроизводительного секвенирования парно-концевых библиотек ампликонов, применяемых при анализе таксономического разнообразия сообществ микроорганизмов. Предлагаемая методика позволяет избежать потери большого количества данных в ходе фильтрации, увеличивая статическую репрезентативность анализируемых выборок расшифрованных нуклеотидных последовательностей. В ходе проведенного исследования впервые показано, что при использовании тримминга с применением скользящей рамки происходит неравномерная элиминация последовательностей разных таксономических групп из выборки, что приводит к искажению картины представленности таксономического состава сообщества при метагеномном анализе. Алгоритм, предложенный в работе, позволяет избежать подобного искажения. Алгоритм тримминга реализован в виде скрипта на языке программирования R и доступен по ссылке: https://github.com/barnsys/metagenomic_analysis. Там же приведены демо-файлы, иллюстрирующие работу программы.