RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2018, том 13, выпуск 1, страницы 169–186 (Mi mbb332)

Эта публикация цитируется в 2 статьях

Математическое моделирование

Исследование фотоизомеризации хромофора родопсина на основе квантово-классической модели

А. С. Шигаевa, Т. Б. Фельдманb, В. А. Надточенкоc, М. А. Островскийb, В. Д. Лахноa

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
b Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАН, Москва, Россия
c Институт химической физики им. Н.Н. Семенова РАН, Москва, Россия

Аннотация: Квантово-классическая модель цис-транс фотоизомеризации родопсинового хромофора (ретиналя) исследована в широких диапазонах параметров. Квантовая подсистема модели включает три электронных состояния родопсина: основное состояние, возбуждённое состояние и основное состояние первичного фотопродукта. В качестве важнейшей контрольной величины использована локальная температура точечных масс классической подсистемы модели. Обнаружено, что наиболее близкое соответствие поведения модели многочисленным экспериментальным данным наблюдается в диапазоне умеренных температур, согласующихся с данными Рамановской спектроскопии. Показана важная роль быстрой передачи избыточной энергии фотовозбуждения в апоферментную часть белка в стабилизации первичного фотопродукта. Путём численных исследований модели доказан элементарный характер фотоизомеризации хромофора и узкая локализация смещений атомных групп ретиналя.

Ключевые слова: родопсин, ретиналь, хромофор, цис-транс фотоизомеризация, квантово-классическая модель.

УДК: 577.354.2, 538.9

Материал поступил в редакцию 30.03.2018, опубликован 25.05.2018

DOI: 10.17537/2018.13.169



© МИАН, 2024