RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2018, том 13, выпуск Suppl., страницы t17–t28 (Mi mbb360)

Эта публикация цитируется в 6 статьях

Переводы опубликованных статей

Analysis of torsion angles between helical axes in pairs of helices in protein molecules

[Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул]

D. A. Tikhonova, L. I. Kulikovaa, A. V. Efimovb

a Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia
b Institute of Protein Research, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia

Аннотация: В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области $0^\circ$ и $180^\circ$. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области $20^\circ$$25^\circ$. Образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от $-50^\circ$ до $-25^\circ$), в области положительных значений углов (от $20^\circ$ до $25^\circ$) и в области прямого угла (от $70^\circ$ до $110^\circ$).

Ключевые слова: структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.

УДК: 519-7, 51-76

Материал поступил в редакцию 24.04.2018, опубликован 30.04.2018

Язык публикации: английский

DOI: 10.17537/2018.13.t17



© МИАН, 2024