Распознавание видов флавивирусов на основе кодирующих последовательностей полипротеинов

Предлагается метод распознавания вида флавивируса, включая распознавание подтипа, по последовательности его генома. Метод основан на использовании частотных характеристик кодонов аминокислот в полных кодирующих последовательностях полипротеинов. Высокая надежность этого метода подтверждается при распознавании 15 групп геномов флавивирусов различных видов и подтипов, имеющих достаточное количество представителей в GenBank. Рассматриваются десять различных видов флавивирусов, четыре подтипа вируса лихорадки денге и вирус Кунджин, как подтип вируса лихорадки Западного Нила.

Материал поступил в редакцию 28.08.2019, 13.11.2019, опубликован 19.11.2019