RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2020, том 15, выпуск 1, страницы 20–39 (Mi mbb420)

Эта публикация цитируется в 3 статьях

Математическое моделирование

Математическая модель, связывающая Ca$^{2+}$-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека

И. Р. Акбердинabc, А. Ю. Вертышевd, С. С. Пинтусae, Д. В. Поповf, Ф. А. Колпаковae

a ООО «БИОСОФТ.РУ», Новосибирск, Россия
b Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
c Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
d ЗАО "СИТЭС-ЦЕНТР", Москва, Россия
e Институт вычислительных технологий СО РАН, Новосибирск, Россия
f Государственный научный центр Институт медико-биологических проблем РАН, Москва, Россия

Аннотация: Адаптация клеток скелетных мышц к регулярным аэробным физическим нагрузкам обеспечивается активацией в них сигнальных путей во время и после каждого упражнения, приводящей к изменению экспрессии огромного количества генов. Несмотря на существующие попытки экспериментально исследовать механизмы регуляции и передачи сигналов при адаптации мышечных клеток к физической нагрузке, количественный вклад отдельных сигнальных молекул в регуляцию экспрессии генов внутриклеточного ответа до сих пор полностью не исследован. В работе представлена разработанная на основе модульного подхода математическая модель активации Ca$^{2+}$-зависимого сигнального пути с последующим изменением экспрессии генов раннего и отложенного ответов на физическую нагрузку в клетках скелетных мышц человека. Численный анализ модели выявил ключевые этапы в пути передачи сигнала и показал необходимость введения в модель параметров, характеризующих синтез и созревание транскрипционных факторов, регулирующих экспрессию генов отложенного ответа для адекватного воспроизведения транскриптомных данных, полученных в экспериментах с участием добровольцев.

Ключевые слова: математическая модель, скелетная мышца, физическая нагрузка, Ca$^{2+}$-зависимый сигнальный путь, транскриптом, РНК секвенирование, регуляция экспрессии, BioUML.

Материал поступил в редакцию 01.10.2019, 10.01.2020, опубликован 05.02.2020

DOI: 10.17537/2020.15.20



© МИАН, 2024