RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2010, том 5, выпуск 2, страницы 188–201 (Mi mbb54)

Эта публикация цитируется в 4 статьях

Математическое моделирование

Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM

Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев

Институт математических проблем биологии РАН

Аннотация: Предложен новый подход к исследованию влияния растворителя на молекулярные системы, основанный на теории интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM. Получено новое интегральное уравнение, в котором матрица внутримолекулярных корреляций усредняется по молекулярным траекториям, рассчитываемым методом молекулярной динамики. Такой способ позволяет учитывать подвижность растворенных молекул при оценках эффекта сольватации. Выполнено сравнение результатов полученных в рамках нового подхода со стандартными расчетами средних по траектории термодинамических величин на примере пептида окситоцина. Показано, что все структурные и термодинамические параметры сольватации пептида, полученные в рамках нового метода, лежат в интервале статистической погрешности при усреднении по траектории.

Ключевые слова: гидратация макромолекул, стационарная динамическая траектория, термодинамика, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM.

УДК: 577.3, 544.35

Материал поступил в редакцию 01.12.2010, опубликован 17.12.2010



© МИАН, 2024