RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2010, том 5, выпуск 2, страницы 138–149 (Mi mbb57)

Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Новые поляризуемые атомные силовые поля для расчета невалентных взаимодействий в явно и неявно заданном водном окружении

А. В. Финкельштейн, Л. Б. Переяславец

Институт белка Российской Академии Наук, г Пущино, Московская обл.

Аннотация: Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, наведенную молекулярными парциальными зарядами поляризацию и всех атомов взаимодействующих молекул, и окружающего их растворителя. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы параметры всех невалентных взаимодействий атомов и при явном (в силовом поле PFFsubl), и при неявном (в силовом поле PFFsol) учете водного окружения. С оптимизированными параметрами обоих разработанных полей, коэффициент корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной силы когезии молекул в кристаллах составил 93 – 95% и в вакуумном, и в неявно заданном водном окружении.

Ключевые слова: невалентные атом-атомные взаимодействия, поляризация, парциальные заряды, неявный учет водного окружения, молекулярные кристаллы, сублимация, растворимость.

УДК: 577.1, 577.3, 54.03

Материал поступил в редакцию 29.11.2010, опубликован 08.12.2010



© МИАН, 2024