RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2011, том 6, выпуск 1, страницы 39–52 (Mi mbb64)

Эта публикация цитируется в 6 статьях

Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах

С. С. Киселев, О. Н. Озолинь

Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания $\sigma^\mathrm D$-зависимых промоторов Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах $-10$ и $-35$. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) – эволюционно удалённого от E.coli микроорганизма. Оказалось, что “чувствительность” PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.

Ключевые слова: универсальный алгоритм поиска промоторов, аннотация бактериальных геномов.

УДК: 579.252

Материал поступил в редакцию 21.01.2011, опубликован 03.02.2011



© МИАН, 2024