Эта публикация цитируется в
6 статьях
Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»
Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах
С. С. Киселев,
О. Н. Озолинь Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино,
Московская область, Россия
Аннотация:
Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания
$\sigma^\mathrm D$-зависимых промоторов
Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах
$-10$ и
$-35$. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы
Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) – эволюционно удалённого от
E.coli микроорганизма. Оказалось, что “чувствительность” PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков
C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.
Ключевые слова:
универсальный алгоритм поиска промоторов, аннотация бактериальных геномов.
УДК:
579.252
Материал поступил в редакцию 21.01.2011,
опубликован 03.02.2011