В. В. Панюков, Н. Н. Назипова, О. Н. Озолинь, “Пакет программ aSHAPE для изучения пространственной конформации участков бактериального генома”, Матем. биология и биоинформ., 2011, том 6, выпуск 2,страницы 211

Эта публикация цитируется в 4 статьях

Биоинформатика

Пакет программ aSHAPE для изучения пространственной конформации участков бактериального генома

В. В. Панюков^a, Н. Н. Назипова^a, О. Н. Озолинь^b

^a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, г. Пущино, Московская область, 142290, Россия
^b Институт биофизики клетки, Российская академия наук, г. Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: Описывается интерактивный пакет aSHAPE для выявления пространственного конформационного различия и сходства в семействах участков ДНК на основе трёхмерной модели двойной спирали. Описано его применение для распознавания промоторных областей в геноме Escherichia coli.

Ключевые слова: конформационная цепочка, деформация, дискриминантный анализ, разделяющая функция, двойная спираль, промотор, ДНК.

УДК: (577.214.625+004.93):519.688

Материал поступил в редакцию 01.08.2011, опубликован 19.08.2011