GPAMM – программный пакет для расчетов молекулярной динамики на графических процессорах

Представлен программный пакет и рассмотрены соответствующие алгоритмы для расчетов молекулярной динамики на графических процессорах (GPU) NVIDIA G80, G84, G92 с использованием технологии NVIDIA CUDA. Реализованы потенциалы MM2 и AMBER с возможностью комбинации функций для создания других потенциалов. Поддерживается расчет молекулярной динамики в условиях NVT (канонический ансамбль) и NVE (микроканонический ансамбль). Сравнивается производительность кода для различных графических процессоров с производительностью МД-алгоритмов для процессоров Intel Celeron, Intel Pentium 4 и Intel Core2 Duo. Показано, что прирост производительности составляет до 30 раз. Программный пакет доступен по адресу www.gpamm.mntech.ru