Эффективность алгоритмов классической молекулярной динамики на суперкомпьютерном аппаратном обеспечении

Развитие аппаратного обеспечения для высокопроизводительных расчетов опережает адаптацию алгоритмов для таких фундаментальных математических алгоритмов, как классическая молекулярная динамика. Большое разнообразие выбора обуславливает необходимость ясных критериев, основанных на вычислительной эффективности определенного алгоритма на определенном аппаратном обеспечении. Тест LINPACK не может более служить этой цели. В этой работе мы рассматриваем основанную на практических соображениях метрику «время решения–пиковая производительность». В этой метрике мы сравниваем различное аппаратное обеспечение (как современное, так и вышедшее из употребления) на примере тестов программного обеспечения LAMMPS, широко используемого для атомистического моделирования. Показано, что рассмотренная метрика может служить для однозначного сравнения различных комбинаций центральных процессоров, ускорителей и интерконнекта.