Динамика укладки белка в пространстве экспериментально измеряемых переменных: явления турбулентности

С использованием метода молекулярной динамики исследован процесс укладки молекулы белка villin subdomain HP-35. При описании конформаций белка введены две переменные, соответствующие расстояниям между флуорофорами в экспериментах по исследованию динамики укладки белков с помощью метода ферстеровского резонансного переноса энергии. В результате моделирования показано, что поле потоков вероятностей переходов между состояниями белка насыщено вихрями. Обнаружено, что в рассмотренном случае, в отличие от ранее исследованных случаев гидродинамической турбулентности и турбулентности укладки белков в трехмерном конформационном пространстве, зависимость всех структурных функций потоков от величины инкремента в конформационном пространстве является линейной. Предложено объяснение этой зависимости на основе $\beta$-модели. Показано, что она не обусловлена выбором переменных для описания динамики укладки.