RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Проблемы передачи информации // Архив

Пробл. передачи информ., 2014, том 50, выпуск 3, страницы 51–75 (Mi ppi2144)

Эта публикация цитируется в 2 статьях

Теория кодирования

ДНК-коды для неаддитивного стебельного сходства

А. Г. Дьячковa, А. Н. Кузинаa, Н. А. Полянскийa, А. Макулаb, В. В. Рыковc

a Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, механико-математический факультет, кафедра теории вероятностей
b Университет штата Нью-Йорк в Дженезео, математическое отделение
c Небрасский университет в Омахе

Аннотация: ДНК-последовательностями называются последовательности с элементами из четверичного ДНК-алфавита $\{A,C,G,T\}$, существенной особенностью которых является их направленность и способность образовывать дуплексы в результате процесса гибридизации – сращивания двух противоположно направленных последовательностей. В биологических экспериментах, использующих это свойство, необходимым является создание ансамблей таких последовательностей (ДНК-кодов), которые состоят из пар ДНК-последовательностей, называемых дуплексами Ватсона–Крика. Кроме того, энергия гибридизации – мера устойчивости потенциального ДНК-дуплекса – для любых двух слов ДНК-кода, не образующих дуплекс Ватсона–Крика, ограничена сверху некоторым числом, определяемым условиями эксперимента. Такая задача может быть естественным образом интерпретирована в терминах теории кодирования. В продолжение предыдущих работ рассматривается неаддитивная функция сходства двух ДНК-последовательностей, позволяющая наиболее адекватно моделировать энергию их гибридизации. Для максимального объема ДНК-кодов, основанных на таком сходстве, устанавливается верхняя граница Синглтона и приводится пример оптимальной конструкции. С помощью ансамблей ДНК-кодов со специальными ограничениями на кодовые слова (ансамблей Фибоначчи) получена нижняя граница случайного кодирования на максимальный объем ДНК-кодов при указанном сходстве.

УДК: 621.391.15

Поступила в редакцию: 24.06.2013
После переработки: 16.12.2013


 Англоязычная версия: Problems of Information Transmission, 2014, 50:3, 247–269

Реферативные базы данных:


© МИАН, 2024