А. М. Спицина, Ю. Л. Орлов, Н. Н. Подколодная, А. В. Свичкарев, А. И. Дергилев, М. Чен, Н. В. Кучин, И. Г. Черных, Б. М. Глинский, “Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК”, Программные системы: теория и приложения, 2015, том 6, выпуск 1,страницы 157

Эта публикация цитируется в 3 статьях

Программное и аппаратное обеспечение распределенных и суперкомпьютерных систем

Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК

А. М. Спицина^a, Ю. Л. Орлов^a, Н. Н. Подколодная^a, А. В. Свичкарев^b, А. И. Дергилев^b, М. Чен^c, Н. В. Кучин^d, И. Г. Черных^d, Б. М. Глинский^d

^a Институт цитологии и генетики СО РАН
^b Новосибирский государственный университет
^c Университет Чжецзянь, г. Ханчжоу, Китай
^d Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН

Аннотация: Развитие технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК привело к появлению нового класса объемных геномных данных и алгоритмов их обработки и анализа. Суперкомпьютерные вычисления являются необходимым инструментом работы с генетическими данными. Представлены задачи геномики и транскриптомики, анализа экспрессии генов в контексте вычислительной сложности. Дан обзор компьютерных подходов и разработанных авторами программ для решения задач, возникающих при аннотации геномных данных и анализе экспрессии генов.

Ключевые слова и фразы: биоинформатика, секвенирование ДНК, микрочипы, регуляция экспрессии генов, транскрипция, базы данных.

УДК: 004.031.2

Поступила в редакцию: 26.12.2014
Подписана в печать : 24.02.2015