Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, А. В. Свичкарев, Н. С. Сафронова, И. Г. Черных, Ю. Л. Орлов, “Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C”, Программные системы: теория и приложения, 2015, том 6, выпуск 2,страницы 129

Эта публикация цитируется в 2 статьях

Программное и аппаратное обеспечение распределенных и суперкомпьютерных систем

Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C

Е. В. Кулакова^a, А. М. Спицина^a, Н. Г. Орлова^a, А. И. Дергилев^a, А. В. Свичкарев^a, Н. С. Сафронова^a, И. Г. Черных^b, Ю. Л. Орлов^b

^a Новосибирский государственный университет
^b Институт цитологии и генетики СО РАН

Аннотация: Возрастающие объемы геномных данных о положении сайтов связывания транскрипционных факторов, хромосомных контактах, аннотации геномных характеристик, полученных с помощью современных технологий секвенирования, требуют разработки нового программного обеспечения для их анализа, оптимизации существующих алгоритмов обработки. Суперкомпьютерные вычисления позволяют решать задачи исследования регуляции транскрипции генов на качественно новом уровне. Рассмотрены задачи анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C. Представлены компьютерные подходы и разработанные авторами программы для решения предложенных задач геномики, приведена дискуссия о дальнейших направлениях развития.

Ключевые слова и фразы: биоинформатика, секвенирование ДНК, иммунопреципитация, хромосомные контакты, регуляция экспрессии генов, базы данных.

УДК: 004.031.2

Поступила в редакцию: 14.05.2015
Подписана в печать : 25.05.2015