Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, А. Г. Богомолов, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов, “Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки по данным, полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C”, Программные системы: теория и приложения, 2017, том 8, выпуск 1,страницы 219

Эта публикация цитируется в 3 статьях

Программное и аппаратное обеспечение для суперЭВМ

Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки по данным, полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C

Е. В. Кулакова^a, А. М. Спицина^a, А. Г. Богомолов^b, Н. Г. Орлова^a, А. И. Дергилев^a, И. В. Чадаева^b, В. Н. Бабенко^b, Ю. Л. Орлов^b

^a Новосибирский государственный университет
^b Институт цитологии и генетики СО РАН

Аннотация: В связи с ростом объемов данных геномики о положении сайтов связывания транскрипционных факторов, хромосомных контактах, аннотации геномных характеристик, полученных с помощью современных технологий секвенирования, растет потребность в разработке нового программного обеспечения для их статистической обработки и анализа. Рассмотрены технологии получения и программы анализа геномных данных секвенирования на основе технологий ChIA-PET и Hi-C. Представлена разработанная компьютерная программа для обработки геномных данных о хромосомных контактах и их функциональной аннотации.

Ключевые слова и фразы: биоинформатика, секвенирование, суперкомпьютерные вычисления, хромосомные контакты, графический интерфейс, базы данных.

УДК: 57.05; 577.0; 573.22; 004.031.2

DOI: 10.25209/2079-3316-2017-8-1-219-242