Исследования влияния параметров генетического алгоритма на эффективность докинга с помощь программы SOL

Проведен анализ ключевых параметров генетического алгоритма и изучено их влияние на эффективность процедуры докинга (позиционирования низкомолекулярных веществ в активном центре молекулы белка), реализованного в многопроцессорной версии программы SOL. Тестирование проводилось на наборе структур, представляющих собой комплексы белка урокиназы, закристаллизованной с различными низкомолекулярными ингибиторами (лигандами), и было ориентировано на оптимизацию дальнейшей работы по поиску новых ингибиторов урокиназы как потенциальных противоопухолевых препаратов. Оптимальные значения параметров генетического алгоритма получены как для режима, в котором проводится докинг одной молекулы, так и для режима виртуального скрининга, т.е. докинга больших библиотек химических соединений. Тестирование проводилось на кластерных суперкомпьютерах Московского государственного университета “Чебышев” и “Ломоносов”.