RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Компьютерные исследования и моделирование // Архив

Компьютерные исследования и моделирование, 2009, том 1, выпуск 4, страницы 437–448 (Mi crm659)

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Моделирование конформационного перехода в фотосинтетическом реакционном центре бактерии Rb. sphaeroides

П. А. Мамонов, П. М. Красильников, П. П. Нокс, А. Б. Рубин

Биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова, кафедра биофизики, 119991, Москва, Ленинские горы, д. 1, корп. 12

Аннотация: Методом квантово-химического моделирования исследован возможный конформационный переход в локальном окружении первичного хинона в фотосинтетическом реакционном центре (РЦ) бактерии Rhodobacter sphaeroides, сопровождающий процесс переноса электрона. Исходя из представления о наличии двух устойчивых конформационных состояний РЦ, предложена кинетическая модель, хорошо описывающая экспериментальные температурные зависимости скорости реакции рекомбинации $\mathrm{P}^+\mathrm{Q}_A^- \to \mathrm{PQ}_A$. Результаты квантово-химического моделирования сайта связывания первичного хинона позволяют предложить на роль указанного конформационного изменения небольшое смещение кольца убихинона, приводящее к разрыву водородной связи, образуемой 4-C=O группой убихинона с гистидином $\mathrm{M}^{219}$, и образованию новой водородной связи с гидроксильной группой треонина $\mathrm{M}^{222}$. Значения параметров модели, полученные с помощью квантово-химических расчетов, качественно согласуются со значениями параметров кинетической модели, используемых для описания реакции рекомбинации.

Ключевые слова: Rhodobacter sphaeroides, фотосинтетический центр, конформационный переход, реакция рекомбинации.

Поступила в редакцию: 22.04.2009
Исправленный вариант: 01.07.2009

DOI: 10.20537/2076-7633-2009-1-4-437-448



© МИАН, 2024