Опыт решения задачи поиска расширенного подобия последовательностей в генетических текстах на ЭВМ с различной архитектурой

Приводятся результаты исследований по оценке эффективности различных архитектур ЭВМ для решения задачи поиска подобия последовательностей в генетических текстах. Анализ текстов ДНК проводится с целью изучения функционального назначения и эволюционного происхождения различных участков генома. Оценка эффективности проводится на характерном фрагменте задачи определения взаимной информации в сопоставляемых участков ДНК. Описана адаптация промышленной программной системы для анализа генетических текстов к мощному вычислительному комплексу из матричных процессоров. Разработаны алгоритмы и программы для Универсальных и Специализированных архитектур ЭВМ. Вторые представлены следующими вариантами: 1) Микропрограммные 'ускорители' - реализация специальных микропрограмм для ЕС1035(ЕС1036) и комплекса IZOT(EC1037+EC2706); 2) Аппаратные 'ускорители' - реализация специализированной платы для семейства IBM PC; 3) Векторный вычислитель ПС-3000; 4) Супер ЭВМ СМС-14 с транспьютерной реализацией узлов. Для записи задачи использовались языки: Фортран; C; Микро-Ассемблер ЦП ЕС-1035/36; Микропрограммный язык APAL; Ассемблеры ЕС ЭВМ, IBM PC и ПС3000; ОККАМ; Элементная база различных серий. Предложена оптимизация для экономного доступа к элементам массивов по смещëнным индексам.