RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Препринты Института прикладной математики им. М. В. Келдыша РАН // Архив

Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2017, 108, 30 стр. (Mi ipmp2324)

Графовое представление сценариев сборки последовательностей иммунных рецепторов

В. И. Назаров, Э. С. Клышинский


Аннотация: В работе представлена новая методика для анализа данных, полученных из последовательностей иммунных рецепторов. Методика основана на применении графовых алгоритмов и позволяет рассчитывать вероятности сборки всех возможных сценариев как нуклеотидных, так и аминокислотных последовательностей иммунных рецепторов, а также проводить статистический вывод параметров вероятностной модели сборки. На момент написания работы, подобный подход применяется впервые в мировой практике. Разработанные алгоритмы для подсчета вероятностей и статистического вывода показывают гораздо большую скорость работы по сравнению с существующими аналогами. В работе приведены результаты численных экспериментов и исследована эффективность распараллеливания алгоритмов.

Ключевые слова: статистическая иммуноинформатика, адаптивный иммунитет, Т-клеточные рецепторы, иммуноглобулины, V(D)J рекомбинация.

DOI: 10.20948/prepr-2017-108



© МИАН, 2024