Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома

В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа: сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка. На первом из этапов используется граф де Брёйна, на втором – граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях геномов бактерии E. Coli (размер генома – $4.5$ миллиона нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома – миллиард нуклеотидов). Преимущество разработанного метода состоит в том, что для его работы требуется существенно меньше оперативной памяти по сравнению с существующими программными средствами для сборки генома.