RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2012, том 7, выпуск 2, страницы 611–631 (Mi mbb126)

Биоинформатика

Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Hoc бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae

А. А. Зиминa, Г. В. Микулинскаяb, Л. Ф. Нигматуллинаa, Н. Н. Назиповаc

a Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г. К. Скрябина, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Филиал Института биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: В данной работе представлены результаты сравнительного исследования иммуноглобулин-подобных доменов в геномах бактериофагов, родственных бактериофагу T4. Предложено использовать белки Hoc для классификации подсемейства фагов Teequatrovirinae. Осуществлен филогенетический анализ отдельных доменов 31 белка Hoc бактериофагов подсемейства. Показано, что число доменов в белках Hoc у разных бактериофагов подсемейства варьирует от одного до пяти. На основе этого бактериофаги можно разделить на 6 подгрупп. Филогенетическое дерево доменов белков — продуктов генов $\mathrm{hoc}$-бактериофагов, родственных Т4, образует три основные ветви. Это ветвь C-концевых доменов, ветвь N-концевых доменов и ветвь промежуточных доменов. Обязательное присутствие С-концевого домена во всех белках Нос указывает на его функциональную и структурную значимость для формирования белка и его прикрепления к капсиду фага. Сформулированы гипотетические схемы эволюционного происхождения повторяющихся аминокислотных последовательностей в белках Hoc.

Ключевые слова: бактериофаг T4, белок Hoc, иммуноглобулин-подобныe белки, домены, филогенетическое дерево, эволюция белков.

УДК: 578.81, 51-76

Материал поступил в редакцию 11.10.2012, опубликован 26.11.2012



© МИАН, 2024