RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 1, страницы 93–118 (Mi mbb136)

Математическое моделирование

Компьютерное моделирование дифракции импульсов рентгеновских лучей на нанокристаллах биологических макромолекул с использованием унитарной аппроксимации нестационарных факторов атомного рассеяния

В. Ю. Лунинa, А. Н. Грум-Гржимайлоb, Е. В. Грызловаb, Д. О. Синицынc, Н. К. Балабаевa, Н. Л. Лунинаa, Т. Е. Петроваa, К. Б. Терешкинаc, Э. Г. Абдулнасыровc, А. С. Степановc, Ю. Ф. Крупянскийc

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Научно-исследовательский институт ядерной физики имени Д. В. Скобельцына Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова, Москва, 119991, Россия
c Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН, Российская академия наук, Москва 119991, Россия

Аннотация: Использование в процессе рентгеновского дифракционного эксперимента мощных импульсных источников может приводить к существенному изменению электронной структуры объекта за время действия импульса. Учет этих изменений существенно усложняет решение прямой задачи рентгеновского рассеяния — расчета дифракционной картины на основе имеющейся атомной модели исследуемого объекта. Нами предложены две упрощенные схемы, позволяющие проводить подобный расчет с использованием стандартных методов стационарной (предполагающей неизменность объекта в процессе эксперимента) биологической кристаллографии, оставаясь в рамках точности, достижимой на сегодняшний день при исследовании биологических макромолекул. Продемонстрировано, что при использовании импульсов умеренной интенсивности и работе с наборами экспериментальных данных среднего разрешения ослабление во времени интенсивности рассеянных лучей происходит почти синхронно для всех брэгговских рефлексов. Это позволяет проводить расчет картины рассеяния по стандартным формулам, адаптируя к эксперименту лишь общий масштабирующий коэффициент. Для работы с более мощными пучками предложена модификация стандартных расчетных формул, которая сводится к замене стандартных факторов атомного рассеяния (формфакторов) их эффективными аналогами, вычисляемыми на основе нестационарных формфакторов.

Ключевые слова: рентгеновский лазер на свободных электронах, фемтосекундные рентгеновские импульсы, рассеяние рентгеновских лучей, дифракция, нанокристаллы, биомакромолекулы.

УДК: 577.3

Материал поступил в редакцию 11.03.2012, опубликован 19.03.2013



© МИАН, 2024