Биоинформатика
Промоторные островки в геноме E. coli: сравнительный анализ с АТ-богатыми последовательностями
О. А. Глазуноваa,
С. С. Киселевa,
К. С. Шавкуновab,
А. А. Быковca,
В. В. Панюковd,
О. Н. Озолиньab a Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c Нижегородский государственный университет, биологический факультет, Нижний Новгород, 603950, Россия
d Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Аннотация:
Функциональные свойства
промоторных островков генома кишечной палочки, т.е. участков с аномально высокой плотностью сигналов транскрипции, сопоставлены со свойствами геномных областей, аномально обогащённых А/Т-парами. Установлено, что компьютерные выборки участков обоих типов по соответствующим критериям частично перекрываются, а их функциональные свойства во многом похожи. Однако
промоторные островки отличаются от АТ-богатых последовательностей большей способностью к синтезу коротких олигонуклеотидов, которые могут быть целевыми продуктами этих необычных участков или побочными продуктами их супрессированного состояния. В
островках чаще, чем в АТ-богатых участках и намного чаще, чем в местах расположения обычных промоторов встречаются инвертированные повторы. Так как структурные элементы такого типа обычно являются мишенями для взаимодействия с димерами и тетрамерами регуляторных белков, можно предположить, что инициация транскрипции с
островковых промоторов контролируется регуляторными сетями клеток и, следовательно, их короткие РНК-продукты могут быть нужны для нормальной жизнедеятельности бактерий. Об этом, в частности, свидетельствует высокое содержание в клетках кишечной палочки олигонуклеотида, синтез которого с
островкового промотора гена
yjgL подтвержден экспериментально.
Ключевые слова:
промоторные островки, АТ-богатые участки генома, абортивный синтез, нетранслируемые РНК, горизонтальный перенос генов.
УДК:
579:252
Материал поступил в редакцию 09.12.2014,
опубликован 22.12.2014