Эта публикация цитируется в
2 статьях
Биоинформатика
Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК
Н. А. Сухаричеваab,
С. С. Киселевa,
О. Н. Озолиньab,
И. С. Масулисab a Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Российская Федерация
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино,
Московская область, 142290, Российская Федерация
Аннотация:
Трансмембранные белки OppB и OppC, составляя остов бактериальных АВС-транспортеров олигопептидов, остаются совершенно не исследованными с точки зрения регуляции экспрессии кодирующих их генов. С помощью универсального алгоритма поиска потенциальных стартов синтеза РНК (PlatPromU) для геномов 13 микроорганизмов из различных таксономических групп исследована возможность транскрипции
oppB, инициируемой на промоторах межгенной области
oppA-oppB. Выявлены сходные паттерны распределения вероятных сайтов инициации транскрипции у энтеробактерий и необычная по насыщенности потенциальными промоторами межгенная область у
Bifidobacterium dentium. Филогенетический анализ и поиск мотивов, гомологичных нуклеотидному контексту
промоторного островка свидетельствуют о том, что часть его была привнесена в регуляторную область
oppB Bifidobacterium dentium из кодирующей области гена
GTNG_2042 эволюционно удалённого вида
Geobacillus thermodenitrificans. Эта интеграция могла спровоцировать формирование протяжённого
промоторного островка, которое в данном случае было направлено не на ассимиляцию нового гена, а на оптимизацию экспрессии собственного гена
oppB Bifidobacterium dentium.
Ключевые слова:
бактериальные геномы, ABC-транспортеры,
opp-опероны, регуляция экспрессии внутренних генов оперонов, промоторы,
промоторные островки, алгоритмы поиска промоторов.
УДК:
579:252
Материал поступил в редакцию 26.06.2015,
опубликован 14.07.2015
DOI:
10.17537/2015.10.294