RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2015, том 10, выпуск 2, страницы 427–435 (Mi mbb236)

Эта публикация цитируется в 1 статье

Математическое моделирование

Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам

Н. К. Балабаевa, С. А. Гарбузинскийb, О. В. Галзитскаяb, А. В. Глякинаa, Б. Т. Маткаримовc, А. В. Финкельштейнb

a Институт математических проблем биологии, Пущино, Московская обл., Россия
b Институт белка, Пущино, Московская обл., Россия
c National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana, Kazakhstan

Аннотация: Выведены формулы для расчета потенциалов и сил в новом силовом поле невалентных взаимодействий, включающем, наряду с традиционными членами, наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом–валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю АМБЕР. Проведены молекулярно-динамические расчеты с использованием обновленного силового поля. Показано, что добавленные, физически разумные члены не сильно замедляют молекулярно-динамическое моделирование, несмотря на то, что они учитывают важнейшие трехчастичные взаимодействия.

Ключевые слова: невалентные атом–атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие «атом–ковалентная связь».

УДК: 577.1, 577.3, 54.03

Материал поступил в редакцию 26.10.2015, опубликован 05.11.2015

DOI: 10.17537/2015.10.427



© МИАН, 2024