RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2015, том 10, выпуск 2, страницы 580–592 (Mi mbb246)

Математическое моделирование

Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля

С. А. Гарбузинскийa, Б. Т. Маткаримовb, А. В. Финкельштейнa

a Институт белка Российской академии наук, Пущино, Московская обл., Россия
b National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Астана, Казахстан

Аннотация: Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом–валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах.

Ключевые слова: невалентные атом-атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие «атом–ковалентная связь», молекулярные кристаллы, энергия когезии.

УДК: 577.1, 577.3, 54.03

Материал поступил в редакцию 08.12.2015, опубликован 24.12.2015

DOI: 10.17537/2015.10.580



© МИАН, 2024