RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск 2, страницы 354–374 (Mi mbb299)

Информационные и вычислительные технологии в биологии и медицине

Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределенной компьютерной среде: организация и алгоритмы

Т. П. Акишинаa, Т. И. Грохлинаb, П. В. Зреловa, В. В. Ивановca, Р. В. Полозовd, В. С. Сивожелезовe, В. А. Степаненкоa, Ю. Н. Чиргадзеf, А. В. Яковлевa

a Объединенный институт ядерных исследований, Дубна, Россия
b Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
c Национальный исследовательский ядерный университет ”МИФИ”, Москва, Россия
d Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Россия
e Институт биофизики клетки РАН, Пущино, Россия
f Институт белка РАН, Пущино, Россия

Аннотация: Важными факторами, определяющими ключевые процессы транскрипции и трансляции в клетке, являются распределения электростатических потенциалов и структуры молекулярных поверхностей нуклеиновых кислот, факторов транскрипции и их комплексов с ДНК. Однако расчеты электростатических потенциалов и построение карт молекулярных поверхностей требуют много времени и больших вычислительных ресурсов. Для решения этих задач нами разработаны технология и комплекс программ для вычислений в распределенной компьютерной среде, содержащей несколько тысяч процессорных ядер.

Ключевые слова: ДНК, РНК, белки, факторы транскрипции, электростатический потенциал, карта молекулярной поверхности, массовые вычисления, распределенная компьютерная среда.

УДК: 123.4

Материал поступил в редакцию 01.10.2017, опубликован 30.10.2017

DOI: 10.17537/2017.12.354



© МИАН, 2024