Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов

Эксперимент по секвенированию транскриптома (RNA-seq) стал практически рутинной процедурой для изучения как модельных организмов, так и для сельскохозяйственных культур. В результате биоинформатической обработки таких экспериментов получаются объемные разнородные данные, представленные нуклеотидными последовательностями транскриптов, аминокислотными последовательностями и их структурно-функциональной аннотацией. Полученные данные важно представить широкому кругу исследователей в виде баз данных (БД). В работе предложен гибридный подход к созданию молекулярно-генетических баз данных, которые содержат информацию о последовательностях транскриптов и их структурно-функциональной аннотации. Сущность подхода в одновременном хранении в БД информации как структурированного типа, так и слабо структурированных данных. Технология использована для реализации БД транскриптомов сельскохозяйственных растений. В работе рассматриваются особенности реализации такого подхода и примеры формирования как простых, так и сложных запросов к такой базе данных на языке SQL. База данных OORT реализована для пяти сельскохозяйственных растений, она находится в свободном доступе по адресу: https://oort.cytogen.ru/.