Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории

Эффективный параллельный алгоритм численного решения уравнений RISM и определения свободной энергии гидратации был применен для изучения относительной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола (DAPI) с двумя различными сайтами в малом желобе ДНК. Эффективность вычислительной процедуры позволила рассчитать свободную энергию гидратации в каждой точке траектории, полученной методом молекулярной динамики, и более точно описать растворенную молекулу по сравнению с традиционным применением метода RISM для замороженных конфигураций.